1.种蛋采集、保存、选择和消毒
(1)种蛋采集 绝大多数雌鸵鸟在下午3—6时产蛋，个别产自上午或夜间。鸵鸟产蛋后要及时捡蛋，以减少破损和污染。雄鸵鸟有保护雌鸵鸟及鸟蛋的本能，捡时要2人配合，1人将鸟赶开，1人把蛋捡走。捡蛋时应将手清洗或戴手套，以免污染种蛋。对污染的种蛋用消毒湿毛巾擦干净。种蛋须登记，注明雌、雄种鸟号码和产蛋日期，并称重编号。
(2)种蛋选择 合格的种蛋要求清洁，表面不应有泥土、粪便以及其他污物;其二要求大小适中，蛋重过大过小都会影响孵化率和雏鸟的质量，一般要求种蛋重1.5千克左右，超过2千克和小于1千克的种蛋一般应淘汰。第三要求种蛋的外形呈卵圆形，纵径16—17厘米，横径13—14厘米，过长、过圆、扁形及畸形蛋孵化率低。种蛋的颜色一般为乳白色或米黄色。洁白色的蛋孵化率较低。
(3)种蛋保存 种蛋贮存时应大头朝上垂直或倾斜放置，时间以3—5天为宜，如果贮存期不超过7天，可不翻蛋。若种蛋贮存不超过4天，保存温度以16—18℃为宜;超过4天应为13℃左右。相对湿度为60%。
(4)种蛋消毒 鸵鸟蛋从母体产出时会被泄殖腔排泄物污染而附着细菌，随着时间的推移，细菌大量繁殖并通过蛋壳上的气孔进入蛋内，对种蛋的孵化有影响。因此，必须对种蛋进行严格的消毒。种蛋消毒方法较多，一般以甲醛熏蒸消毒法常用。方法是将种蛋放在储蛋室或消毒柜内，按每立方米空间用甲醛溶液(福尔马林)30毫升、高锰酸钾15克的剂量，在温度20—25℃的条件下密闭熏蒸20分钟。使用这种方法要注意，甲醛与高锰酸钾反应剧烈，又具有很大的腐蚀性。所以，要用容积较大的陶瓷容器，先加入少量温水，投入高锰酸钾，再加入甲醛。20分钟以后要及时排出消毒柜中的烟雾，待种蛋的温度逐渐降至18℃时，转入贮蛋柜中或入孵化器进行孵化。
2.孵化
(1)孵化前的准备 种蛋入孵前，要认真检查孵化室的密封、保温、通风条件，孵化室内温度最好恒定在22—25℃。对孵化室、机具等进行全面消毒。开机试温、预热2—3天后即可人孵。
(2)孵化期的管理
孵化温、湿度控制 鸵鸟孵化期为42天，孵化中前期温度恒定在36.8℃，孵化后期30—42天，胚胎自身产生大量的热，需要的温度相对较低，以36℃为宜。孵化要求的湿度较低，孵化器内相对湿度为20%—40%(不同国家不同地区报道不一致)。合适的相对湿度是根据孵化种蛋失重率来确定的。种蛋在整个孵化期内失重率为14%时，说明孵化器内相对湿度最合适。孵化室内环境相对湿度在40%时，孵化器内基本不用加湿。如果孵化室相对湿度低于40%，就需要加湿。当环境相对湿度高达70%时，孵化器本身无法把孵化器内的湿度降下来，需要采用孵化室内增设空调或对进入孵化器的空气进行抽湿处理。
照蛋：照蛋的目的是观察胚胎发育程度和异常情况，及时剔除无精蛋和死胚蛋。第一次照蛋是在入孵时进行，检查种蛋放入蛋盘时气室是否朝上。第二次照蛋是在入孵的第十二天，此时鸵鸟的喙和喙尖开始形成，腿和翅膀大致分化，尿囊膜扩展到蛋壳膜内表面，胚胎的躯干部增大，照蛋时可见到清晰的血管，能见到头部和躯干部2个小圆团，称为“双珠”。入孵第三十四天进行第三次照蛋，此时蛋内全黑色，看不见血管，蛋的小头被胚胎充满，称为“封门”。
翻蛋：鸵鸟蛋黄含脂肪多，比重较轻，浮在蛋的中间由系带系着，胚胎吸收养分，排除废物。如果长时间处于一种位置，蛋黄不能维系在蛋的中央，容易与蛋壳的内膜粘连。翻蛋的目的在于使胚胎外部空间定位，同时也防止粘连，促进羊膜运动。
鸵鸟蛋孵化期内一般每2小时翻蛋1次，40天转入出雏器后停止翻蛋。目前一般孵化器设计的翻蛋角度为前俯后仰各45度，据研究，如果翻蛋角度增大到50—55度，会促进胚胎发育和血液循环，使孵化率有所提高。
落盘与出雏：鸵鸟胚胎孵化到40天由孵化器移到出雏器为落盘。此时胚胎是从尿囊绒毛膜呼吸转换为肺呼吸的生理变化最剧烈时期。胚胎气体代谢旺盛，如氧气供应不足会导致胚胎死亡。把胚胎转入出雏器后，可以得到较多的新鲜空气，而且散热条件好，有利于胚胎渡过危险期。
如果小鸟的胎位正常，头在趾的上方，小鸟喙破蛋膜进入气室，约12小时就可自行出壳。出壳后断脐非常重要，如果断脐不好，细菌通过脐带进入造成感染。自行出壳的小鸟一般脐带吸收良好，不会出血。可在脐带端涂碘酒消毒，然后用灭菌的纱布包扎。如果小鸟啄破蛋膜进入气室，12小时还未啄破蛋壳，或是胎位不正，41天还未进入气室，就要在气室的顶端打一小孔，以供给小鸟充足的氧气，并逐渐剥掉顶部的蛋壳，让小鸟白行出壳。再过6小时如果仍未出壳，就需助产，从鸟的头部开始往下剥壳，每次剥的壳占蛋纵轴长的1/5。发现内壳膜发白或有红色血管时要停止往下剥，停留2—3小时再往下剥，从鸟的头部剥到背部直到尾部，最后从脐带部拿掉蛋壳。脐带用碘酒消毒包扎。过2天后，脐带再进行一次消毒和包扎。助产是不得以才用，不要急于进行助产，原则上让其自己出壳，助产应尽量往后推迟。
雏鸟出壳后应及时捡出蛋壳，然后让雏鸟在出雏器内待到羽毛全干，且能站立行走时再转入育雏室。人工助产的雏鸟体质弱，要在出雏器内多呆一些时间。有的雏鸟出壳后就发现腿和趾有畸形现象，需要及时矫正。如果是呈外八字形，可用灭菌纱布把两条腿之间留一定距离拴在一起，一般几天后可矫正过来。
雌雄鉴别：15月龄以前的鸵鸟体形和羽毛基本一致，很难从外表上区别雌雄。进行雌雄鉴别有利于分群饲养和营养配给。雏鸵鸟的雌雄鉴别多采用翻肛法，即翻开雏鸵鸟的肛门，看是否有向左弯曲的阴茎。但这种方法只有70%左右的准确性。因此，雏鸵鸟的雌雄鉴别要进行几次，一般在1周龄、2月龄、3月龄分别进行鉴定。
