不过随着奶牛行业的发展，奶牛小区也出现了弊端：分户饲养、人牛混居、单产效率低下、奶源品质参差不齐、疫病难控等问题日益凸显；而且乳业公司处于主导地位，而奶农则处于被动的地位，奶农仅能通过出售原奶获得唯一收益，而对于奶价涨跌无法把控。另一方面也带来了粪尿大量增加并任意排放，对当地环境造成了极其严重的影响，其污染问题已引起人们的重视。
奶牛小区只是奶牛养殖模式的一个阶段性产物，在竞争日益激烈的市场经济体制下，小区内小规模、大群体的传统养殖模式已不再适应市场的要求，改革势在必行。
奶牛小区改制的呼声越来越强烈。全国各地都在积极引导和鼓励奶牛小区采取股份制改造、托管寄养、收购流转等方式向规模养殖场转型，2014年部分省份已经迈出了第一步——奶农变股东。以规模奶牛场改造升级为重点，带动奶牛小区改制转型，主要是：分别以场地、设备和奶牛入股成立股份制公司，公司完全实行工厂化管理，生活区与养殖区严格分开，人再也不用住牛舍了。而且公司股东愿意在公司工作的除正常享受分红以外，还可以按岗领工资。
奶牛小区改制已经初见成效：农户合股以后，引入了现代企业经营模式，不仅成立了董事会，实行了经理聘用制，还引进了知识型、能力型人才，开始采用了现代企业的管理制度来进行养殖管理，实现了节本增效。小区用工大幅减少，奶牛患病率低了，产奶量高了。 合股以后，所有的牛集中到了一起，实现了规模饲养，更有利于新技术推广和新项目开发。公司实现了饲草饲料供应、疫病防治的高度统一，解决了以前单个养殖户想解决却又一直解决不了的难题。
奶牛的市场前景广阔，规模化养殖前景看好，带动了经济效益，有着良好的发展空间。为了保证产业的发展，产业实现绿色转型，带动农民增收更有后劲。
