锦鲤生命力较强而较少发病，但要做好养殖池和鱼体的消毒工作。定期施用生石灰，敌百虫等，对发病鱼应及时诊断和治疗。其常见病的治疗如下：
1、肠炎病。病鱼食欲降低，行动缓慢，常离群独游，鱼体发黑，腹部膨大，肛门外凸红肿，挤压腹壁有黄红色腹水流出。防治可在饵料中每千克拌入0.2克磺胺脒投喂病鱼，连续5天。对发病严重不摄食的鱼，可腹腔注射卡那霉素500--1000国际单位，3--5天即可。
2、水霉病。病鱼体表演或鳍条上寄生有灰白色如棉絮状的菌丝。口服维生素E，每10千克鱼体重每天用0.4--0.6克投喂，可增强抵抗力，对病鱼可用400--500毫克/升食盐溶液和400--500毫克/升碳酸氢钠溶液合剂喷洒。
3、竖鳞病。病鱼体表粗糙，鳞片竖起，鳞基水肿。防治方法：①用2%食盐水溶液浸洗鱼体5--15分钟，每天1次，连浸3--5天。②磺胺嘧啶内服：先把病鱼养在0.5%食盐水中，停食2天，移入清水中，每尾鱼投喂0.2克，隔天1次，连服5次。
4、小瓜虫病。病鱼体表、鳍条和鳃上有白点状的囊泡，严重时病鱼全身皮肤和鳍条布满白点和覆盖着白色的粘液。可用10--15毫克升的福尔马林加1--2毫克/升的亚甲基蓝全池泼洒，隔天1次，连用2--3次。
5、指环虫病。指环虫寄生于鱼的体表和鳃丝上，鳃瓣浮肿，灰白色。防治可用0.2--0.4毫克/升浓度的晶体敌百虫溶液全池泼洒。也可用0.2毫克/升浓度的高锰酸钾溶液浸洗鱼体，时间10--30分钟。
