在10多年的研究与生产推广中，已发现的疾病有白头白嘴病、白尾病、打印病、溃疡病、出血病、烂尾病、烂鳃病、肠炎病、斜管虫病、绦虫病、车轮虫病、小瓜虫病、杯体虫病、盘钩虫病、锚头鳋病、鲺病、锥体虫病、气泡病、萎瘪病、肝脂肪性肿大等20余种。但从总体上说大口鲇的抗病能力比较强，常见的或危害严重的疾病只有几种，如苗种阶段易患白头白嘴或白尾病、出血病和小瓜虫病，成鱼阶段易患肠炎或鲺病，亲鱼易患打印病、烂尾病等。大口鲇的敌害有水蜈蚣(龙虱幼虫)、水网藻、水鸟、蛙、蛇等。
发病原因：
(1)鱼池未经清塘消毒或消毒处理不彻底，或所用的消毒药物已严重失效。
(2)苗种的放养密度过大或水质变坏，降低了鱼体的抗病能力。
(3)投喂的水蚤、水蚯蚓等活饵料未经消毒处理，带进了病原体;或是投喂的饲料(包括冰鲜鱼块等)腐败变质;或因投饲不匀或施肥不当引发疾病。
(4)鱼的体质较差，或在运输过程中受伤，病原体乘虚而入;也可能苗种本身已带病。
(5)水源不良，或是病死鱼的交叉重复感染。
在生产实践中，鱼病的暴发往往是以并发症的形式出现，对并发症的治疗，难度就更大。因此，做好日常的饲养管理工作，采取综合预防措施，才能掌握防治鱼病的主动权。此外，大口鲇是无鳞鱼，对各种治病药物比有鳞鱼更敏感，故用药浓度和药浴时间更要从严掌握，药量一般均应低于常规用量，药浴时间必须视水温高低与鱼体大小灵活掌握。并在施药4小时内必须派专人监视鱼情，3小时后即向鱼池大量冲水，以防造成急、慢性药害。
