水獭属于半水栖动物，在水流较缓、水的透明度较大、水生植物贫乏而鱼类较多的河流、沼泽、池塘、湖泊等淡水水域，尤其是两岸林木繁茂的小溪。也有的生活在沿海咸、淡水交界的地区，靠近海岸的小岛上，还常常到海水中去捕鱼。大多掘洞而居，其巢穴筑在靠近水边的树根、树墩、芦苇和灌木丛下，利用自然的低洼来筑巢。如同“狡兔三窟”一样，水獭的洞穴也有好几个出入口，洞道向上倾斜，以防水进入洞穴，但其中有一个洞口通到水下，开口于水下1—3米处，使水陆连通，不仅进出方便，可以直接潜入水中觅食和躲避食肉兽类的袭击。白天隐匿在洞中休息，夜间出来活动，洞内以草做铺垫物，大小便也都有固定的地方。除了交配期以外，平时都单独生活。为了寻找更多的食物，除了繁殖季节外，也经常迁移，从一条河到另一条河，或从上游到下游。
水獭水性娴熟，善于游泳和潜水，柔软的身体和粗长的尾巴能减少在水中运动的阻力，游进时前肢靠近身体，用后肢和尾巴打水推动，同时也起着舵的作用，使身体作波浪式起伏，姿态很像鳗鱼。游动的速度很快，每分钟可以游50多米，而且升降和转向十分灵活，在水中忽前忽后，忽左忽右，翻滚自如，还喜欢像画圆圈一样游动，卷起水底的泥沙或水中的小鱼，紧急时还会像海豚一样在水面上跳跃。在水下潜游可达4—5分钟，潜行距离相当远。听觉、视觉、嗅觉都很敏锐，在水中能自行关闭鼻孔和耳孔的瓣膜，防止水流入。游近水面时，习惯于把头、背和尾巴露出来，因此常被人们误认为是水怪。有时候仰卧着缩起脚，浮在水面上随波逐流。
它很爱玩耍，常常采用踩水的方式站立起来，使头部和颈部露出水面，做观看远方的动作，或者顺着河堤的斜坡爬上滑下，在冰雪上滑行、打滚等，这些行为使它的反应变得更为敏锐，使捕猎的技巧更为精湛。不过它不善于在陆地上行走，主要用腹部贴着地面匍匐前进、滑行、打滚和断续地跳步，以及蹒跚地在薄冰或浅雪上漫游，遇到敌害时立即钻到冰窟或雪下逃遁。遇见光亮时不像其他夜行性兽类那样停留片刻，而是一边逃走边回头观看，显现出一副奇特的模样。
水獭的食物主要是鱼类，常将捉到的鱼托出水面而食，也捕捉小鸟、小兽、青蛙、虾、蟹及甲壳类动物，有时还吃一部分植物性食物。喜欢从岸边或河崖上潜入水中追逐鱼群，但最常用的狩猎方法是伏击，尤其是在冬季，常常躲在冰窟窿里，等待鱼游过来时突然冲出捕食。当发现水鸟在水面上缓慢游动时，也会从水下俏俏潜近，然后一口咬住猎物，再慢慢吃掉。但是如果水中杂物较多或者水生植物丛生，鱼群可以藏匿其中，水獭捕食便较为困难，所以在我国南方的一些养鱼池塘中，常投放一些松枝在水中，以防止水獭等盗食。
由于水獭贪食，发现鱼群后就一条接一条地捉住放在岸边，排列整齐，很象人祭祀时摆放的贡品，而水獭在食物旁边观察的动作又好似人叩头的样子，所以古人认为它在进食之前需要“祭天”，早在《礼记·月令》中就有“鱼上冰，獭祭天”的记载。就其体形大小而论，它属于力气最大的哺乳类动物之一，能搬动60千克重的岩石。饱食以后就在水边的沙滩、石板或岩穴等处休息，在沙滩上选择休息地点之前，有用爪在沙面上拨弄的动作，留下的痕迹被人们称为“挂爪”。
性凶猛，在遭到猎犬围捕时，敢于向身形较大的进攻者发起反抗，常有咬死猎犬的记载。2014年，曾有水獭在美国国家公园被捕捉到攻击鳄鱼的画面。
