尿素
作为一种有机物质，在工业、农业、医学方面均有应用，唯独没有在食品业的应用，用尿素来制作豆芽是非法使用，尿素是人体正常新陈代谢的产物，是一种含氮的小分子物质，会随着人体排尿而排出，少量尿素并不会对人体造成危害，当尿素大量聚集而不能排出时，会对人体操成损伤，主要是使人体的体内电解质平衡被破坏，从而产生疾病，即尿毒症。
无根剂
而无根剂的主要成分6-苄基腺嘌呤，是一种广泛使用的添加于植物生长培养基的细胞分裂素，具有抑制植物叶内叶绿素、核酸、蛋白质的分解，保绿防老；将氨基酸、生长素、无机盐等向处理部位调运等多种效能，广泛用在农业、果树和园艺作物从发芽到收获的各个阶段。其毒性为LD50：大鼠口服2965mg/kg（bw）（雄性），大鼠口服1005.19mg/kg（bw）（雌性）。②蓄积毒性试验：雌性大鼠蓄积系数大于5，雄性大鼠蓄积系数为3，均属弱蓄积性。使用范围和使用量可按我国原《食品添加剂使用卫生标准》（GB2760―1996）规定：用于发黄豆芽绿豆芽，最大使用量0.01 g/kg，残留量应不高于0.2 mg/kg。而在实际生活中，商贩一般使用量很大，在批捕的山东商贩杨某处，“毒豆芽”检出的有毒物质6-苄基腺嘌呤是国家标准检出上限的2000倍,长期食用会对人体产生蓄积危害。
农药
而有的商贩甚至在豆芽生长过程中添加农药，农药作为有毒物质是防治病虫害的，对人体也同样有毒，有的农药也同样存在致癌、致畸、致突变的危害。
抗生素
甚至还有人用头孢氨苄、诺氟沙星等抗生素用于豆芽生长过程中的杀菌[3] 。抗生素的违法使用不仅可以使人在生病时增加耐药风险，并且抗生素积累也会增加头痛、头晕、致癌、过敏等风险。
兽药
还有使用兽药的，恩诺沙星、强氯精等都曾在检查中查出。好多兽药也是抗生素，所以会对人体造成危害。
