有机大豆是需肥较多的作物之一，施肥对大豆的优质高产举足轻重。因此，施肥要根据其品种特性、土壤肥力高低以及栽培措施综合考虑。一般情况下，每生产100公斤大豆籽粒需吸收氮7.0-9.5公斤、磷1.3-1.9公斤、钾2.5-3.7公斤。其中以需氮最多，其次是钾，同时还需要充足的硫、铜、钼、硼、锌等中微量元素。大豆所需的氮一部分来自大豆本身根瘤固定的氮，一部分来自土壤和肥料。
在苗期，大豆吸收的氮仅占总量的4%，开花结荚期对氮的吸收量增大，占总量的19%，结荚及鼓粒期对氮的吸收量更大，占总量的70%左右，鼓粒期以后，对氮素的吸收基本停止。大豆从出苗到初花期吸收的磷素仅占总量的15%，开花结荚期占60%，结荚到鼓粒期占20%。钾素的吸收从出苗到开花期占一生吸收量的32%，这一时期对钾的吸收高于氮、磷，开花到鼓粒期占吸钾总量的62%，而鼓粒期到成熟期仅占6%。总之，结荚期是大豆吸收氮、磷、钾养分最多的时期，而且吸收速度快，如果肥料供应不足，大豆易出现脱肥现象。
1、微肥拌种。根瘤菌粉拌种：每5公斤种子用根瘤菌粉20-30克、清水250克，在盆中把种子与菌粉充分拌匀，晾干后播种。微肥拌种：播种前按每5公斤种子称取钼酸铵5-10克，用250克温水充分溶解钼酸铵，然后将肥液喷洒在种子上，使肥液与种子充分接触，晾干后即可播种。对缺硼或缺锌的地块，则要用0.05%的硼砂溶液或0.1%的硫酸锌溶液进行拌种。
2、施足基肥。栽培春有机大豆施用基肥以有机肥为好，一般每亩用腐孰的优质农家肥2000-3000公斤，再配以少量化肥即可。夏大豆由于时间紧，施用基肥则可以速效性有机肥料或化肥为主。在土壤肥力低的地块，每亩应施氮6-7公斤，磷、钾各10-12公斤；肥力高的地块，施氮量宜为4-5公斤，磷、钾各8-10公斤，撒施后翻耕。
3、巧施追肥。有机大豆追肥要因地、看苗进行，对未施基肥或基肥不足的地块，就及时进行追肥，一般每亩追尿素3-4公斤或碳酸氢按10-15公斤、过磷酸钙20公斤、钾肥10公斤。氮肥可在苗期和初花期各追一半，磷、钾肥宜早追，追施方法以开沟条施为好；对施足基肥的地块，也要根据各阶段的生长情况追肥，若发现苗弱而黄，可适量补充氮肥，以防止脱肥早衰。开花结荚期是大豆需肥最多的时期，应在开花前5-7天施用一次速效性肥料，每亩可追施尿素2-5公斤、钾肥7-8公斤，以保证这一时期植株生长对养分的需要。
4、根外补肥。有机大豆进入花荚期是需要各种营养元素最多的时期，而鼓粒期后植株根系开始衰老，吸收能力下降，大豆常因缺肥而造成早衰减产。大豆叶片对养分有很强的吸收能力，叶面喷肥可延长叶片的功能期，对鼓粒结实有明显促进作用，一般能增产10-20%。方法是：每亩可用磷酸二按1公斤或尿素0.5-1公斤或过磷酸钙1.5-2公斤，或磷酸二氢钾0.2-0.3公斤兑水50-60公斤，于晴天傍晚喷施（其中如用过磷酸钙要先预浸24-28小时后过滤再喷），喷施部位以叶片背面为好。从结荚开始每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。
