防治玉米茎基腐病要选用抗耐病品种。在选择品种时，可考虑选用玉米高矮适中、叶片较厚且蜡质较多的品种，对病菌的侵染效果较明显。移栽前一两天，用玉米种衣剂亮盾(或艾科盾)1500倍处理苗盘中的玉米苗。种植抗耐病品种是防止玉米茎基腐病和玉米细菌性茎腐病发生的最有效措施。
玉米茎基腐病又可以称为玉米青枯病或者茎腐病，是玉米病害中最严重之一。
玉米茎基腐病是由多种病菌单独或复合侵染引起的一种病害，主要危害玉米的植株茎秆和叶鞘。在苗期表现为茎基腐，在成熟期表现为青枯，也叫玉米青枯病。
玉米茎基腐病初期会变成白色，后变为粉红色霉状物。当平均温度在30℃左右，相对湿度在70%以上的时候开始发病，当温度达到32℃左右的时候发病速率最快。地势、空气、水源会影响玉米茎基腐病的发病率。
防治玉米茎基腐病要选用抗耐病品种。在选择品种时，可考虑选用玉米高矮适中、叶片较厚且蜡质较多的品种，对病菌的侵染效果较明显。移栽前一两天，用玉米种衣剂亮盾(或艾科盾)1500倍处理苗盘中的玉米苗。种植抗耐病品种是防止玉米茎基腐病和玉米细菌性茎腐病发生的最有效措施。
选择适中的密度，保持田间的通风透光，对低洼地要开好沟系，处于雨季时要在暴雨过后及时疏通沟系。过度密植可造成田间郁闭、通风透光不良而加重病情，因此要合理密植，改善农田小气候，创造良好的生长环境。
重病地块在灌浆期，雨后马上用丁锐可或必备淋施茎基部或者在甜玉米生长的大喇叭口期，喷施预防真菌、细菌的药剂，有条件的地方应实行轮作倒茬，可防止土壤中病原菌的积累，有效预防病害的发生。
玉米收获后彻底清除田间病株残体，集中烧毁或高温沤肥，减少田间初侵染来源。把病株割除带出田外，然后用生石灰封闭病穴（可以撒生石灰粉或灌注生石灰水）以阻断蔓延。
