（一）水杉猝倒病（立枯病）
主要是由真菌中的镰刀菌、丝核菌、腐霉菌等引起为害幼苗致使倒伏死亡或种芽腐烂。
防治方法：1.苗圃地要选排水良好，土壤不粘重的地方。如原为疏菜地，播种前要消毒处理：用敌克松每苗1—1。5公斤，或五氯硝苯代森锌合剂（五氯硝基苯占3/4，代森锌占1/4），或苏农6401，每亩用2。5—3公斤，将药加入细土中拌匀（药与土的比例是1：200—400）撒于苗床；或硫酸亚铁原粉每亩用8—10斤与30—40倍的干燥细土混合均匀使用，播种前撒于苗床土中。2.如发现幼苗得病，可用苏农6401可湿性粉剂800—1000倍液，或70%的敌克松1：500—800倍液，或新洁尔灭液5000倍液喷洒。如果用1—3%的的硫酸亚铁液，喷洒后要用清水冲洗苗木，否则易受药害。
（二）水杉苗木茎腐病
高温干旱的夏季，苗木基部易灼伤感染此病；土壤排水不良而积水，苗木生长不好，也容易得病，枯死。严重时，使当年的幼苗90%死亡，2—4年生的苗木也有发生。
防治方法：幼苗期在夏季要采取遮荫的措施，加强管理不使幼苗被灼伤。
（三）水杉白线虫
防治此虫害可用80%二溴氯丙烷乳剂，每亩用量6斤，每斤兑水30—50斤沟施，于播种或移植苗木前半月进行土壤消毒熏蒸。施药深度需入地表以下20厘米。
（四）水杉大袋蛾
此虫大发生时将叶吃光，影响树木生长。防治方法：1.人工捕捉幼虫烧毁。2.用90%的敌百虫800—1000倍液或杀螟松1000倍液喷杀幼虫。
