羊驼是单胎动物，妊娠期长（342－345天），第一个月的流产率较高，因此羊驼的繁殖率低。因此，提高羊驼的繁殖率，是发展羊驼养殖业面临的主要问题。
雌性羊驼一般在12个月大时进行配种，美国羊驼一般在18个月大时。一头健康，有繁殖能力的母羊驼，每年可生下一头小羊驼，可持续繁殖到15-16年。妊娠期一般是11.5个月或335天左右，如果是第一次可能还要长些。遭受任何形式的压力都会造成母羊驼的流产，这也是一个很大问题，多胎相当罕见。交配通常是在人工控制的条件下进行，以确保可做精确的记录。首先将雌雄羊驼安置到一个单独的栅栏中，如果雌羊驼卧下，也就是准备好了交配，正常情况下一般20-40分钟交配完毕。羊驼都是在诱发卵子的条件下，保证能在任何时候都能受孕，一般大多数交配安排在春夏季节，以避免冬季分娩。雄性羊驼在交配过程中诱发卵子的排放。
第一次交配7天后，雄羊驼再次被引到雌羊驼处，如果雌羊驼见到后就扒地、跑开，那就是说已经受孕。60天时，采用超音频音响测试受孕状况。采用将雄羊驼引到雌羊驼处的做法称为“唾液分泌法”，可以贯穿孕期的始终，血液测试有时可用来测量增多的荷尔蒙。在澳大利亚，也有一些胚胎移植和人工授精到目前还不曾成功过。羊驼一般在日间分娩，而且小羊驼2小时后就可站立。许多饲养员都会在开始的几天内给小羊驼身上盖上一层东西，尤其是在天气不稳定的时候。
目前，主要采用先进的科学技术手段来提高羊驼的繁殖率。经过专家的研究，人工授精、胚胎移植和孕酮植入这些先进技术可望能为未来发展羊驼养殖业助一臂之力。
