防疫的目的主要有两个，一是防止传染病的传入，二是发生传染病时要尽快扑灭，防止传染病传出。防疫措施主要包括两个方面，一是平时的预防措施；二是发生传染病时的扑灭措施。
1）平时预防措施
① 加强牛群饲养管理，提高奶牛机体抵抗力。
② 坚持自繁自养原则，把好引进奶牛关。必须引进奶牛时，一定要从非疫区引进，逐头并切实做好产地检疫，证明无传染病才能引进，入群前还要隔离观察两个月，必要时再做一次检疫，证明无传染病的牛才能与原来的牛混群饲养。
③ 建立牛场阻隔消毒制度，把好牛场入门关。奶牛场的大门不能畅通无阻，必须设置阻隔，入场的人员、车辆必须进行消毒，消毒池内经常保持有效浓度和数量的消毒药液，（如2%苛性钠或4%来苏儿溶液），人员要用0.2%次氯酸钠或0.1%过氧乙酸洗手。
④ 建立定期消毒制度，切断传播途径。奶牛场每年春秋两季应进行两次大消毒，对牛舍、周围环境、运动场地面及饲槽、水槽在仔细清扫、刷洗后用2%苛性钠溶液、10%石灰乳、5%漂白粉等消毒液进行消毒。
⑤ 建立定期检疫和免疫制度，查出传染来源，保护健康牛群。奶牛场每年要在春、秋两季进行两次布氏杆菌病和结核病的检疫。每年要进行一次炭疽菌苗预防注射和两次口蹄疫疫苗注射。
2）传染病流行时的扑灭措施
① 迅速隔离病牛。发现传染病病牛，应立即隔离。隔离期间继续观察诊断，必要时给予对症治疗。对隔离的病牛要设专人饲养和护理，使用专用的饲养用具，禁止接触健康牛群。
② 及时报告疫情。发现应该上报疫情的传染病时，应及时向上级业务部门报告疫情，详细汇报病畜种类、发病时间和地点、发病头数、死亡头数、临床症状、剖检病变、初诊病名及已采取的防制措施。必要时应通报邻近地区，以便共同防制，防止疫病扩散。
③ 全面彻底消毒。对病牛所在牛舍及其活动过的场所、接触过的用具进行严密的消毒。病牛污染的饲料经消毒后销毁，病牛排出的粪便应集中到指定地点堆积发酵和消毒。同时对其他牛舍进行紧急消毒。
④ 逐头临床检查。对同牛舍或同群的其他牛要逐头进行临床检查，必要时进行血清学诊断，以便及早发现病牛。
⑤ 紧急预防接种。对多次检查无临床症状、血清学诊断阴性的假健牛要进行紧急预防接种，以保护健康牛群。
⑥ 酌情实行封锁。发生危害严重的传染病时，应报请政府有关部门划定疫区、疫点，经批准后在一定范围内实行封锁，以免疫情扩散，封锁行动要果断迅速，封锁范围不宜过大，封锁措施要严密。
⑦ 妥善处理病畜。对死亡病畜的尸体要按防疫法规定进行无害化处理销毁，火烧或深埋。对严重病畜及无治疗价值的病畜应及时淘汰处理，以便尽早消灭传染来源。
新建奶牛场场址应选择在地势平坦、向阳背风，排水良好，水源充足，无污染且未发生过任何传染病的地方，牛场周围应设绿化带。牛场内应分设管理区、生产区和粪污处理区。管理区和生产区应设在上风，其间应有消毒间和消毒池。建筑牛舍时，地面、墙壁应先择用便于消毒的材料，以利于彻底消毒，并应具备良好的粪尿排出系统。牛场的净道与污道应分开，避免交叉，排污应遵循减量化、无害化和资源化的原则。
防疫总则
1、奶牛场应贯彻“以防为主，防治结合”的方针。奶牛场日常防疫的目的是防止疾病的传入或发生，控制传染病和寄生虫病的传播。
2、防疫措施 奶牛场应建立出入登记制度，非生产人员不得进入生产区，谢绝参观。职工进入生产区，穿戴工作服经过消毒间，洗手消毒后方可入场。奶牛场员工每年必须进行一次健康检查，如患传染性疾病应及时在场外治疗，痊愈后方可上岗。新招员工必须经健康检查，确认无结核病与其他传染病。奶牛场员工不得互串车间，各车间生产工具不得互用。奶牛场不得饲养其他畜禽，特殊情况需要饲养狗的，应加强管理，并实施防疫和驱虫处理，禁止将畜禽及其产品带入场区。
3、定点堆放牛粪，定期喷洒杀虫剂，防止蚊蝇孳生。死亡牛只应作无害化处理，尸体接触的器具和环境作好清洁及消毒工作。淘汰及出售牛只应经检疫并取得检疫合格证明后方可出场。运牛车辆必须经过严格消毒后进入指定区域装车。当奶牛发生疑似传染病或附近牧场出现烈性传染病时，应立即采取隔离封锁和其他应急措施。
卫生消毒
卫生消毒是切断疫病传播的重要措施，奶牛场建立卫生消毒制度，尽力减少疾病的发生。
1、消毒剂 消毒剂应选择对人、奶牛和环境比较安全、没有残留毒性，对设备没有破坏和不伤害牛只体表及在牛体内不应产生有害积累的消毒剂。
2、消毒方法 喷雾消毒、浸液消毒、紫外线消毒、喷洒消毒、热水消毒。
3、消毒制度 建立消毒制度，对养殖场（小区）的环境、牛舍、用具、外来购牛、来往人员、生产（挤奶、助产、配种、注射治疗及任何对奶牛进行接触操作）前等进行消毒。
免疫接种
奶牛场应根据《中华人民共和国动物防疫法》及其配套法规的要求，结合当地实际情况，对规定疫病和有选择的疫病进行预防接种工作，并注意选择适宜的疫苗、免疫程序和免疫方法。
检疫
奶牛场应按照国家有关规定和当地畜牧兽医主管部门的具体要求，对结核、布鲁氏菌病等传染性疾病进行定期检疫。
奶牛保健
1、乳房卫生保健 应经常保持乳房清洁，注意清除损伤乳房的隐患。挤奶时清洗乳房的水和毛巾必须清洁，水中可加0.03%漂白粉或3%～4%的次氯酸钠等，毛巾要消毒。挤奶后，每个乳头要立即药浴，可用3%～4%的次氯酸钠（现配）。停奶前10天监测隐性乳房炎，阳性或临床乳房炎必须治疗，在停奶前3天再监测2次，阴性方可 停奶。挤奶人员、挤奶器等工具一定要做好清洗消毒工作。先挤健康牛后挤病牛（用具专用）。对患有严重乳房炎的奶牛，可淘汰处理。
2、蹄部卫生保健 牛舍、运动场地面应保持平整、干净、干燥。保持牛蹄清洁、清除趾间污物或用水清洗（夏天）。要坚持定期消毒。用4%硫酸铜液喷洒浴蹄，夏、秋季每隔5 天～7天消毒1次～2次，冬天可适当延长间隔。坚持每年对全群牛只肢蹄普查一次，对蹄变形牛于春、秋季节统一修整。对蹄病患牛及时治疗，促进痊愈。坚持供应平衡日粮，以防蹄叶炎发生。
3、营养代谢病监控 高产牛在停奶时和产前10天左右作血样抽样检查，测定有关生理指标。应定期监测酮体，产前1周，产后一月内每隔1日～2日监测一次，发现异常及时采取治疗措施。加强临产牛监护，对高产、体弱、食欲不振的牛在产前一周可适当补充20%葡萄糖酸钙1次～3次，增加抵抗力。注意奶牛高产时的护理，在产奶高峰时，可在日粮中添加碳酸氢钠1.5%（加入精料中）。每年随机抽检30头～50头高产牛作血钙、血磷监测。
兽药使用准则
1、禁止在饲料及饲料产品中添加未经国家兽医行政主管部门批准的兽药品种，特别是影响奶牛生殖的激素类药、具有雌激素类似功能的物质、催眠镇静药和肾上腺素能药等兽药。
2、允许使用符合规定的用于奶牛疾病预防和治疗的中药材和中成药。允许使用符合规定的钙、磷、硒、钾等补充药，酸碱平衡药，体液补充药，电解质补充药，血容量补充药，抗贫血药，维生素类药，吸附药，泻药，润滑剂，酸化剂，局部止血药，收敛药和助消化药。
3、允许使用国家兽药主管部门批准的抗菌药、抗寄生虫药和生殖激素类药，但应严格遵守规定的给药途径、使用剂量、疗程和注意事项。严格遵守休药期的规定。未规定休药期的品种，应遵守奶废弃不少于7天的规定，抗寄生虫药外用时注意避免污染牛奶。
4、慎用作用于神经系统、循环系统、呼吸系统、泌尿系统的兽药及其他兽药。
5、建立并保存奶牛的免疫程序记录；建立并保存患病奶牛的治疗记录，包括患病奶牛的畜号或其他标志、发病时间及症状、治疗用药的过程、治疗时间、疗程、所用药物商品名称及有效成分。
