消毒的目的是消灭传染源散播于外界环境中的病原微生物，切断传播途径，阻止疫病继续蔓延。黑山羊场应建立切实可行的消毒制度，定期对黑山羊舍(包括用具)地面土壤、粪便、污水、皮毛等进行消毒。
一、黑山羊舍
黑山羊舍除保持干燥、通风、冬暖、夏凉以外，平时还应做好消毒。一般分两个步骤进行：第一步先进行机械清扫；第二步用消毒液。黑山羊舍及运动场应每周进行消毒一次，整个黑山羊舍用2%-4%氢氧化钠消毒或用1：1800-3000的百毒杀带黑山羊消毒。
二、入场
黑山羊场应设有消毒室，室内两侧、顶壁设紫外线灯；地面设消毒池，用麻袋片或草垫浸4%氢氧化钠溶液，入场人员要更换鞋，穿专用工作服，做好登记；场大门车辆出入设消毒池，经常喷4%氢氧化钠溶液或3%过氧乙酸等。消毒方法是将消毒液盛于喷雾器，喷洒天花板、墙壁、地面，然后再开门窗通风，用清水刷洗饲槽、用具，将消毒药味除去。如黑山羊舍有密闭条件，舍内无黑山羊时，可关闭门窗，用福尔马林熏蒸消毒12-24小时，然后开窗通风24小时，福尔马林的用量为每立方米空间用25-50毫升，加等量水，加热蒸发。在一般情况下，黑山羊舍消毒每周1次；每年再进行2次大消毒。产房的消毒，在产羔前应进行1次，产羔高峰时进行多次，产羔结束后再进行1次；在病黑山羊舍、隔离舍的出入口处应放置浸有4%氢氧化钠溶液的麻袋片或草垫，以免病原扩散。
三、地面
土壤表面可用10%漂白粉溶液、4%福尔马林或10%氢氧化钠溶液。停放过芽胞杆菌所致传染病(如炭疽)病黑山羊尸体的场所，应严格加以消毒。首先用上述漂白粉溶液喷洒地面，然后将表层土壤掘起30厘米左右，撒上干漂白粉与土混合，将此表土妥善运出掩埋。
四、粪便
黑山羊的粪便消毒方法有多种，最实用的方法是生物热消毒法，即在距黑山羊场100-200米以外的地方设一堆粪场，将黑山羊粪堆积起来，喷少量水，上面覆盖湿泥封严，堆放发酵30天以上，即可作肥料。
五、污水
最常用的方法是将污水引入处理池，加入化学药品(如漂白粉或其它氯制剂)进行消毒，用量视污水量而定，一般1升污水用2-5克漂白粉。
