选种本身并不能影响到遗传物质本身，但他能改变不同基因的频率，从而使整个基因型发生变异。当不断选留优良性状的果子狸时，会使优良性状基因的频率增加，并对数量性状有利的基因得到积累，从而提高种群的质量。
要做好选种工作，必须有明确的饲养目的，即通过选种达到什么目的，解决什么问题等。总之，果子狸的选种不外乎两个方面的选择内容。一是对数量性状的选择，主要是对果子狸遗传力较高的数量性状(体重、体长、毛绒的密度和长度、产仔率、泌乳力、产仔数量、繁殖性状)进行的选择，选择体型适中、健壮、毛皮质量好、适应性强、繁殖性能好的优良狸群;二是对质量性状的选择，应以个体的表现型为基础进行选择。例如，根据亲代和子代毛色的表现型，判断其基因型，从而进行有效的选择，即对一些有害的隐性基因(如一些先天性疾病)的选择，也是根据子代的表现型来对亲代进行有效的选择。
对于果子狸的性状选择，常采用如下几种方法。
1.个体选择法
完全根据个体的表现型值来选择，适应子遗传力较高的性状。如体重、体长、毛绒密度和长度、毛色的深浅度及头面白斑大小等性状，在个体之间表现型的差异，主要由遗传上的差异所致。因此，采用个体选择法就能获得好的选择效果。
2.家系选择法
以整个家系作为一个单位，根据家系成员的平均表现型值进行选择，适用于遗传力较低的性状的选择，如繁殖力、泌乳力、成活率等性状。在选育过程中，广泛采用全同胞、半同胞测验进行家系选择。一般采用3一生只以上的全同胞和30一钧只以上的半同胞测验效果才能比较可靠。
3.综合指数法
同时选择几个性状，按每个性状的遗传力和经济意义综合成一个指数，将各性状的数值相加，求得选择指数，然后按指数高低进行选择。此法既可以同时选择几个性状，又可以突出选择重点，而且还能把某些重要性状(即特别优良的个体)选择出来，因而育种效果较好。
