（一）性成熟年龄与个体大小
鳄龟是变温动物，其性成熟年龄与水温条件密切相关。不同地区、不同的气候条件下，鳄龟的有效积温不同，性成熟年龄也不同。在常温条件下，华北、东北地区鳄龟的个体性成熟需4-5 年，华中与华北地区则需3-4 年，华南与我国台湾省只需2-3 年。尽管各地鳄龟的性成熟年龄不同，但达到性成熟的有效积温则相近。因此无论何地区只需将鳄龟置于人工控制的温室内，使鳄龟在30℃ 的水温下生长，2 足龄的鳄龟则完全可达性成熟。
鳄龟的性成熟除了与当地的有效积温有关外，还与年龄有关，而与个体大小无直接关系。因为在自然环境下，由于受环境、饵料等因子的影响，鳄龟性成熟的个体差异较大。通常，性成熟的最小个体为1 千克左右（曾发现温室培养内个体仅600 克的雌鳄龟性腺发育成熟并有交配、产卵行为，这是种质退化的不正常现象）。研究表明3-6 千克的亲鳄龟繁殖力最强。因此在亲鳄龟选育时，同一年龄，个体越大，质量越好。
（二）雌雄鉴别
鳄龟的雌雄鉴别最显著的标志为：雄鳄龟尾长略粗，躯体稍长，尾长大于腹甲长度的86 写，泄殖孔位于背甲边缘之外；雌鳄龟尾短略细，躯体稍圆，尾长小于腹甲长度的86 % ，泄殖孔位于背甲边缘之内。
（三）发情与交配
在长江流域以南地区，每年惊蛰过后当水温回升到15 ℃ 以上时，鳄龟冬眠结束，逐渐复苏并恢复摄食。当水温上升到20 ℃ 以上时，开始发情交配（又称交尾）。交配盛期一直延续到10 月份。发情交配时间一般在傍晚进行。在野生水域中，鳄龟的初次成熟择偶处于随机状态。据观察，鳄龟在封闭性的生态环境中，其择偶表现得较为专一，特别是5 龄以上的雌性大鳄龟，在平时生活中与雄鳄龟形影不离，往往结伴同行，即使在非交配季节，当配偶一方失踪时另一方仍会在失踪处寻找等候。雄鳄龟交配前有明显的发情行为：潜游、戏水。雄鳄龟在沿岸浅水追逐雌鳄龟，若同时有其他雄鳄龟，则会发生撕咬争斗现象。当发情到高潮时，雄鳄龟用四胶紧抱雌鳄龟，骑背交配。此时雄鳄龟尾部下垂使泄殖孔与雌鳄龟泄殖孔对接，并将其交接器插人雌鳄龟泄殖腔内，输射精液至输卵管内，精卵在输卵管上端结合，完成受精过程。发情追逐时间可达5-6 小时，而交配过程仅5-8 分钟即完成。经过2-3 周后鳄龟再行交配，通常一年可交配2-3 次。
