在自然界中，水獭没有固定的繁殖季节，一年四季都有交尾。水獭一般在春夏季繁殖，产在南方的水獭一年可繁殖2次。发情的公母水獭大声嘶叫追逐，互相咬被毛，情绪十分不安，食欲下降。母獭阴门红肿，发情的持续期一般为半个月至1个月。交配的地点是在水中，交配的时间多在夜间或清晨进行。交配1次约5－10分钟，交配时公獭咬着母獭的头部，在水里游动或翻滚。每只雄水獭可与9只雌水獭交配，交配时不让人接近，以免影响其繁殖。母水獭受孕后雌雄分开饲养，怀孕初期食欲有所下降，怀孕1个月以后食量增加，腹部膨大，运动量应逐渐减少。母獭受孕后的妊娠期一般为55－57天。母水獭临产前性情凶猛，常伏在窝里不出来。这时要备好产仔箱，箱里放上一些柔软的干草，以备母獭絮窝需要。母獭产仔期根据地区的不同而有差异，如我国北方的母獭受孕后一般春夏季产仔，每胎产仔2－4只，生下的仔獭哺乳3个月后便能独立生活。许多猎人认为，幼水獭多在春夏季发情。一年可繁殖两胎，通常一胎2仔。少见一胎1仔或3仔。在人工饲养条件下，在一周岁以上才可繁殖。发情时间依产地而不同。在北方，每年2-4月份发情；云南水獭每年可发情2次，在3-5月份和9-11月上旬，发情持续15-30天。
交配多在水中，于清晨或傍晚进行。交配前，公、母水獭在水中追逐嬉戏，并发出”吱吱”声和断断续续的尖锐哨声，然后母水獭头部平伏水面，后躯稍稍下沉，公水獭迅速爬上母水獭背部，衔住其头部，在游动中完成交配。交配时间5-10分钟。最长不超过30分钟，当气候在-12℃-6℃时，也可在陆地上交配。
