由于蝇室密闭不严以及废旧料中含有的幼虫和蛹，使得蝇蛆生产场地的附近有可能造成家蝇的泛滥，所以生产中要严密封锁种蝇室与外界的联系，保证种蝇不能外逃；还要对废旧料及时处理，如利用密封、加热等方法杀死其中的幼虫和蛹，以防止造成污染。在家蝇养殖过程中不可避免的会造成成蝇的外逃，因此及时在养殖室内消灭成蝇从而防止其扩散到外环境中就很重要。但使用农药喷洒剂处理会造成环境污染，因此，养殖过程中常用以下方法：
1.物理防治
（1）打 可用铁纱、塑料等材料制成各式各样的蝇拍，见蝇就打，效果很大。现市场销售的电蝇拍效果较好。
（2）诱捕 用捕蝇瓶捕蝇。瓶中贮水，底下放一些甜的或腥臭的食物，如鱼肠、烂瓜果等，诱蝇来吃，使其自然飞人瓶中，溺水死亡。使用时须把上盖盖好，防蝇逃出，并经常选换诱饵。使用捕蝇笼亦可采用上述方法诱杀。市售的诱蝇灯是一种很好的引诱工具。
（3）黏蝇 用松香 8 份，蓖麻油 2 份，红糖或蜜糖 2 份混合后在火上熔成胶状，涂在纸上或绳上即可。使用时将纸放在桌上、挂在墙上或凌空悬挂黏蝇。或使用市售商品。
2.化学防治
考虑到化学农药对环境的污染不利于蝇蛆的商品化生产，所以在使用方式上应尽量避免使用大面积喷洒灭蝇的方法，而多提倡利用引诱剂杀灭成蝇。具体的方法有以 0.1 ％敌百虫或其他农药与各种诱饵（鱼肠、鱼头等腥味物或者面包渣、红糖等）拌和制成毒饵，放置到一定的容器里。根据养殖的成虫规模放置使用量，诱饵多，腥味大，诱力就强。经常保持诱饵湿润，可以增强毒效。现市场有出售的杀蝇颗粒剂，多以糖类物质为药剂载体，引诱效果好，对人员和养殖无副作用。
