种蛋储藏或孵化之前要进行消毒。常见的消毒方法有：
（ l ）高锰酸钾溶液浸泡消毒法：将高锰酸钾配成 0 . 01 %～0 . 05 ％的水溶液（也就是在 1000 千克水里加入 10～50 克高锰酸钾，充分搅拌，待完全溶解后呈浅紫红色）置于大盆内，将种蛋放入盆内浸泡 2～3 分钟（水温保持在 40 ℃ 左右），并洗去污物，取出晾干即可。
（ 2 ）碘溶液消毒法：将种蛋放在 40 ℃ 0 . 1 ％的碘溶液（在 1 千克水中加入 10 克碘片和 15 克碘化钾，使之完全溶解，然后倒入 9 千克清水中，搅拌均匀）内，浸泡约 1 分钟，洗去污物，也可杀死蛋壳上的杂菌和白痢杆菌。
（ 3 ）新洁尔灭溶液浸泡消毒法：用 0 . 2 ％的新洁尔灭温水溶液（水温保持在 40 ℃ ）浸泡种蛋 1～2 分钟，捞出沥干。使用新洁尔灭，切忌将肥皂、碘、高锰酸钾、升汞和碱等物质掺入，以免药液失效。
（ 4 ）福尔马林（甲醛）熏蒸消毒法：按每立方米容积用福尔马林（含 40 ％的甲醛） 30 毫升、高锰酸钾15克的量准备药物。将称量好的高锰酸钾预先放在一个瓷容器内（不能用金属容器，以免腐蚀。最好使用广口容器），容器大小应为福尔马林用量的 10 倍以上，然后按用量加入福尔马林，两种药物混合后即挥发出甲醛气体，密闭熏蒸 20～30 分钟。消毒完毕后，打开通风孔，让甲醛气彻底消散。种蛋一旦入孵切忌用甲醛熏蒸消毒，自野外采集的种蛋也不要用甲醛熏蒸消毒。
（ 5 ）福尔马林浸泡消毒法：将福尔马林（含 40 ％甲醛）配成 1 . 5 ％的溶液，种蛋在其中浸泡 2～3 分钟，取出沥干即可入孵。 要注意溶液温度应保持在 40 ℃ 左右。
（ 6 ）氯消毒法：将种蛋浸泡在含有活性氯 1 . 5 ％的漂白粉溶液中 3 分钟，捞出风干后装盘，也可用浓度为 80PPm 的氧化氯雾化液喷洒。
（ 7 ）紫外线消毒法：安装 40 瓦紫外线灯管，距蛋面约 1 米高，经照射（辐射） l0～15 分钟后，即可达到消毒的目的。此法能提高种蛋的孵化率。
