选种就是选择优良的个体留做种用，同时淘汰不良个体。因为种貂的优劣对产仔率、幼貂成活率影响极大，因此，选种工作做得好坏直接影响来年的生产。经过长期生产实践，我们认为要搞好选种应做好以下几方面的工作。
1、水貂养殖选择好的品种
好的品种是提高水貂产仔率和成活率的基础。目前适合山东本地环境条件的品种有锦州黑、美国短毛黑、彩貂、胶州黑、红眼白等。在引进国外品种时，一定要考虑该品种的适应性、抗病能力、生理的遗传性及性状的稳定性。对引进血缘较远的种貉时，一定要比较两地的气候与自然环境的差异，及时、适当地调整其饲养和管理方法。
2、水貂养殖建好基础群
选种一般要经过初选、复选和精选3个阶段。6～7月进行初选；初选后通过科学饲养和管理，9～10月进行复选；11月进行精选，选择优良的个体做为翌年的公、母种貂。
初选：成年公貂要根据其配种能力、精液品质进行初选；成年母貂要根据其产仔数、泌乳量、母性、后代成活数等情况进行初选。对仔貂选择，要根据同窝仔数、发育状况、成活情况和双亲品质，在离乳时按窝选留。初选要比实留种数多25％～40％。
复选：主要根据貂的生长发育、体形大小、体重高低、体质强弱、毛绒色泽和质量、换毛迟早等逐只选择。复选数量要比实留种数多10％～20％。
通过初选和复选后，组成基础种貂群，这些工作一般要在10月底前完成。然后进行有目的的个体选留。
3、水貂养殖选优势个体
一般1公3母为1组。母貂在自己的基础群中选留，公貂从夕卜场中选留，以防近亲繁殖，降低生产性能。
3.1 体虽标准 公貂2呛以上，不超过2，5kg；母貂1.2Kg以上、不超过2kg
3.2 毛色及密度标准 黑貂应全身乌黑发亮，绒毛、真毛齐全，背部毛绒密度在每平方厘米12000根以上；彩貂应花斑好看，体毛光亮，换毛齐全。
3.3 体长 公貂45cm、母貂38cm以上。
3.4 健康状况 无疫病，头眼灵活，爱动、好戏耍，吃料、饮水正常，无食毛、咬尾病史。
3.5 繁殖能力 母貂胎产仔6只以上，母性好；公貂配种能力强，一个繁殖期内交配母貂5～8只。
3.6 种用年龄 公貂适配年龄为2～4龄，个别的可利用6～10年。每年比例为：当年的占30％，老龄的占70％。
3.7 其它 公貂隐睾、母貂外生殖器畸型（生殖器与肛门距离远）、残疾（缺腿、少尾、瞎眼等）不能留作种用。
4、水貂养殖选种注意事项
4.1 要仔细调查引进的品种系谱，避免近亲；同时建立好本场的系谱档案。
4.2 调查用药过程，对用药物过敏的最好不要留作种用。
4.3 用过激素（玫口褪黑激素）的貂不可留种。
4.4 夏毛未褪全者不可选为种用，特别是5月出生的貂不应留种。
4.5 头、体比例失常的不可留种。
