施肥是维持土壤肥力，满足果树生长发育所需营养元素的重要措施。番石榴一年多次开花结果，挂果期长、产量高，养分消耗大，因此，要注意加强施肥管理，以维持生长势，改善地力。研究表明，每生产100千克番石榴鲜果所带走的养分为：氮1.83千克、磷0.39千克、钾1.62千克、钙0.90千克、镁0.22千克、钠0.24千克。其氮磷钾钙镁比为1:0.21: 0.89:0.49:0.12。番石榴养分需要量与品种、产量、修剪程度等因素有关。番石榴产量越高，修剪程度越重，所需的养分量越多。
1、幼龄树施肥幼龄树施肥以促进生长、迅速形成丰产树冠为目的。定植施用基肥，以堆肥、厩肥、人畜粪尿和饼麸肥为主。每株施用10~15千克，配施少量磷、钾、钙肥，可施过磷酸钙或钙镁磷肥1千克。除施基肥外，配合修剪和培养枝梢的次数施肥，掌握培养一次枝梢施肥一次的原则，以农家肥主为，配施少量速效氮肥。幼龄番石榴每年至少施两次主肥，第一次在8~9月施，可每株施腐熟厩肥20~30千克、复合肥0.5千克，第二次在翌年4~5月施，施复合肥1.5~2.0千克，配以叶面施肥。
2、结果树施肥由于番石榴全年均可开花、结果，故结果树施肥应依培育几次花果为重点来决定，围绕促发健壮枝梢，促进开花结果，改良土壤，促进根系发过为目的来进行。目前对番石榴营养特性及营养需求研究不多，各地对番石榴的施肥在很大程度上还是根据生产经验。
广西番石榴产区主要根据其生长结果特点来施肥，一般在2~3月新梢萌动期施促梢肥，3~4月现蕾期施促花肥，5月果实膨大期施壮果肥，7月正值头造果采前迅速增大，需再施壮果肥及促二造果果枝萌发肥，9~10月施二造果壮果肥及促三造果果枝萌发肥，11~12月施三造果壮果肥，翌年1~2月采果后至萌芽前施过冬重肥。
广州地区对中、迟熟品种主要培育正造果，故施肥主要是春梢萌芽前、果实发育期及采果后各施肥1次，对有翻花果的早熟品种，在正造果及翻花果采收后各施1次。在台湾，番石榴多进行产期调节栽培，减少夏、秋果，增加冬、春果，一般于2、5、7、8及11月各施肥1次，8月及11月的施肥对冬春果发育、提高品质有重要作用，是产期调节不可缺少的。有机肥可于2月施下，作为基肥以便缓慢分解利用。在印度，氮、钾肥一般在2月、5月上旬、7月上旬和8月分4次施下。
番石榴施肥量及N、P、K适宜比例各地相差较大。台湾在番石榴种植后10年内，随着树龄的增加，施用量也逐年增加。5龄前N、P、K比例为1:1:1，逐渐过渡到(10年后)2:1:2的比例。柯立样等推荐泰国番石榴的年株施肥量为氮肥0.2千克、五氧化二磷0.1千克、氧化钾0.4千克，N、P、K比例为2:1:4。印度番石榴高产园的年株施肥量为氮0.583千克、磷0.271千克、钾0.399千克，氮磷钾三要素比例为1:0.46:0.68。南非成年番石榴年株施用量为氮0.224千克、磷0.045千克、钾0.20千克，三要素施用比例为1:0.20:0.89。
肥料施用时，可于树冠的垂直位置挖一浅沟，沟长0.7~0.8米，宽0.2~0.3米，深0.1米，将肥料施入沟内，混合后覆土。另外，磷肥可在离树干1.0~1.6米处挖长0.6米的环沟施下，可提高肥料利用率。旱季施肥若与灌溉配合，肥效更佳。此外，根外追肥对番石榴也有较好的效果。叶片施锌保果作用显著，还可提高果实中可溶性固形物，改善品质；施用硝酸钙能增加营养生长的速度，显著缩短花芽发育期，并提早开花，提高着果率。生产上在始花期和幼果期喷施0.6%硫酸锌、0.2%硼酸和0.05%钼酸铵，对增进夏、冬果的品质有良好的效果。台湾于9、10月每隔5天喷1次，连续3次喷0.4%~0.6%磷酸二氢钾，可提高冬春果的品质。喷叶面肥时，在嫩梢展叶期浓度低些，叶片老熟后浓度可高些。
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