1、主要病害：灰霉病，早疫病，炭疽病，菌核病及由于低温寡照引起的生理性病害。
2、基本特点：此时期低温，光照不足是主要矛盾，根系吸收能力及叶片光合作用降低，植株长势衰弱，极易发生生理性病害。而由于温度低，病原性病害发生相对较轻，因此，此时期在管理上应以增温保温，增加光照为主要手段，病害防治应以预防性喷药为主。
3、防治方案：
1）严禁大水漫灌，要采用膜下浇小水或滴灌。
2）及时摘除残存的花瓣，以防治灰霉病。
3）草苫要早揭早盖。提早升温，增加光照时数，经常擦拭棚膜增加透光量。
4）预防喷药，比较适宜的药剂有：
达科宁600倍液喷雾（广谱保护性杀菌剂，以预防灰霉病和菌核病为主）。
阿米西达1500倍液～2000倍液喷雾（高效广谱内吸性杀菌剂，防治大部分真菌病害）。
世高1500倍液～2000倍液喷雾（高效广谱内吸性杀菌剂，以防治高等真菌病害为主）。
适乐时600倍液～800倍液或利霉康600倍液～800倍液喷雾（防治灰霉病，早疫病和菌核病等）。
以上药剂交替施用，每15天左右喷药一次，每次喷药时可以加入0．5％～1％的尿素和0．3％的磷酸二氢钾，以弥补根系对肥料的吸收不足。
定植至结果期
1、主要病虫害：病毒病，疫病，根腐病，灰霉病，早疫病，白粉虱，烟青虫，甜菜夜蛾。
2、防治原则：病毒病的预防以防治传毒昆虫为主；定植至座果前以苗期病害，青椒疫病和根腐病的防治为主，座果后以灰霉病、疫病的防治为重点，兼防早疫病。
3、防治方案：
1）所有的通风口都要用防虫网封好，防止传毒昆虫侵入。
2）定植前密闭温室，用DDV熏蒸一夜，彻底消灭棚内的所有昆虫，特别是白粉虱。
3）移栽前一天用阿克泰2500倍液加适乐时600倍液～800倍液灌根防治白粉虱和定植后的根部病害，每平方米苗床喷施药液量3公斤左右。
4）缓苗后待气温凉爽时畦面要加盖地膜，采用膜下浇水或滴灌措施，严禁大水漫灌。
5）定植后10天左右用金雷多米尔600倍液喷雾并灌根（预防疫病，立枯病）。
6）间隔15天喷达科宁600倍液（对灰霉病的预防效果好，兼治青椒疫病和早疫病）。
7）间隔15天左右用适乐时700倍液～800倍液喷雾并灌根（主要预防根腐病和枯萎病）。
8）定植后防治白粉虱用喷雾的方法较好，喷雾时每喷雾器水加入1～2包阿克泰再加入5～10毫升功夫，可以有很好的增效作用，并对斑潜蝇有很好的效果。
9）发生甜菜夜蛾和烟青虫用55％快绿扬1000倍液～1200倍液。
