一、窖藏 香菜放在窖内堆放高度一般为25~30厘米。入窖初期，可堆放在菜窖两道大门之间的过道或离窖门、气窗较近处。这里温度低，便于通风。待气温明显下降后再移到菜窖内部贮藏。贮藏期，应控制窖内的温度不能超过5摄氏度，否则香菜叶子易变黄腐烂。
二、冻藏东北各地多采用此法。先挖深1米、宽25-30厘米的沟，沟长按储藏量多少而定。"小雪"前后将香菜带根挖出，把根上的泥土抖净，去掉黄烂叶，捆成捆，每捆2.5公斤。入沟最好在早晨进行。入沟时香菜根朝下，叶朝上斜放在沟内，撒一层细沙，再撒上7-8厘米厚的细湿土。以后随着气温的下降，分2-3次增加盖土厚度，但总覆土厚度最好不超过20厘米。封冻前后，再在沟上加盖15厘米厚的草帘或干稻草。沟内温度维持在-5~4摄氏度，以叶片冻结、根部不冻为宜。此法可贮至翌年2月底供市。香菜出窖后要缓慢解冻，不能急躁。
三、冷藏 选棵大、株壮、颜色鲜绿、无病虫害的植被。收获时留根1.5~2厘米长，收获后勿受热，及时加工处理，剔除病、伤等黄叶，捆成0.5千克左右的小困，上架预冷，在库温零摄氏度条件下预冷12~24小时，然后装进聚乙烯塑料袋，每袋装8千克。松扎袋口，可以方便调节袋内气体成分，使袋内二氧化碳的平均值为7.8%左右，氧气为10.3%左右，商品率和保鲜指数均达90%以上，损耗在7%~8%。贮藏香菜的库温最好恒定在-1.5~1摄氏度，不能过低。此法可贮藏至翌年5月。
四、家庭贮藏方法
1、将香菜摘净，不去根，清洗，装进塑料袋，最好是保鲜袋，封口前将袋内吹入空气，然后置入冰箱保鲜层，可保存一周左右。或将香菜装入保鲜袋，同时放入一小块萝卜或胡萝卜（可为香菜提供水分），再将保鲜袋口扎紧并放入冰箱冷藏室，可延长香菜的保鲜时间。
2、无冰箱的家庭，可选棵大、颜色鲜绿、带根的香菜、捆成500克左右重的小捆，外包一层纸（不见绿叶为好），装入塑料袋，松散扎袋口。让香菜根朝下、叶朝上，置于阴凉处，散吃散取。此法贮藏可使香菜叶在7~10天内鲜嫩如初。
如要长期贮藏，可将香菜根部切除，摘去老、黄叶，摊开晾晒1~2天。编辫挂凉处风干。食用时用温水浸泡即可保持香菜色绿不黄，香味犹存。
