微生物肥料的作用显著，可以提高农产品产量，因为微生物肥料特定的肥效不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还可分泌多种活性物质，刺激、调节、促进作物生长发育。也可以有效改善农产品品质，提高农产品的安全性。还可以增强农作物的抗逆性能，同时有效预防作物的生理病害的发生，更可以提高化肥利用率和改善土壤养分。
一、可以提高产量
实践证明，微生物肥料特定的肥效不仅为农作物提供营养元素，其有效菌还可分泌红霉素、细胞分裂素、生长素等活性物质，刺激、调节、促进作物生长发育，有利于农作物增产。
二、可以改善品质
微生物肥料能有效改善农产品品质，施用微生物肥料收获的农产品，蛋白质、糖分、维生素、氨基酸等有益成分含量明显提高，籽粒、果实丰富光滑，蔬菜水果颜色鲜艳，美味，价值高。一些微生物肥料产品还可以减少硝酸盐的积累，提高农产品的安全性。
三、增强抗逆性能
许多微生物肥料中的有效菌具有分泌抗生素类物质和多种活性酶的功能，抑制或杀死病原菌，降低病害的发生和增强作物的抗逆性，提高作物的抗旱、抗寒、抗倒伏、抗病、抗盐碱的能力，同时有效预防作物的生理病害的发生。
四、提高化肥利用率
微生物肥料的有效菌大多可以分解土壤中的有机质，在有机质分解过程中生成腐殖酸，腐殖酸和土壤中的氮形成腐殖酸铵，可以减少氮肥的流失。解钾溶磷有效菌能将土壤中固化的化学钾肥、化学磷肥分解转化为速效钾、速效磷，提高其利用率，降低生产投入，减少资源浪费。
五、改善土壤养分
微生物肥料有效菌能促进土壤中难溶养分的溶解和释放，提高土壤养分的供给能力。有效菌分泌的细胞外多糖物质是土壤团粒结构的粘合剂，可以增强土壤团粒结构，疏松土壤，提高土壤渗透性和保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分，改善土壤中养分的供给情况。
六、使用注意事项
1、打开袋子后，尽快使用：打开袋子后，其他细菌等侵入，微生物菌群变化，影响使用效果，微生物肥料打开袋子后，尽快使用，避免长期不使用的情况。
2、避免高温干旱：高温干旱天气会影响微生物的繁殖和生存，不能完全发挥作用，施肥效果也会降低。
3、避免混合未腐烂的农家肥料：在未腐烂的有机肥料堆积过程中产生大量热量，微生物在高温下被杀害，影响微生物肥料的肥力。同时，还应注意避免与酸碱肥料混合使用。
4、避免与农药同时使用：两者同时使用，化肥农药的药性抑制微生物的生长繁殖，还会严重杀死微生物。
