红薯贮藏期的病虫害主要有：
（1）红薯湿害和干害。湿害主要是田间积水时间较长，或薯堆内水汽上升，或因雨雪漏于窖内浸湿薯块等原因造成烂窖。干害主要是窖内相对湿度过低，造成生理萎缩而渍烂。红薯缺氧主要是入窖初期气温较高，或装薯过满，或封窖过早都会引起烂窖。
（2）红薯软腐病。主要发生于贮藏期的薯块，贮藏不当，则会导致此病的迅速蔓延。薯块发病后，开始外部症状不明显，仅薯块变软，呈水渍状，不久在薯块表面长出茂盛的绵毛状菌丝体，上有黑色的小颗粒，即病菌的孢子囊。破皮后流出黄色汁液，带有酒香味，如果被后入的病菌侵入，则变成霉酸味和臭味，以后干缩成硬块。
（3）黑斑病。病薯块上出现膏药状青黑色陷斑，并深入薯肉，味苦。潮湿时斑面初现灰色霉层，后现黑色刺状物。病薯不堪食用。贮藏期是黑斑病危害重、损失大的时期，菌源主要来自田间的带病薯块，病菌通过运输造成的伤口侵入薯块，贮藏初期，高温高湿能促使病害发展，在15摄氏度以上病菌发展较快。
（4）红薯线虫。主要危害薯块，病薯症状分为糠心型和裂皮型：
（1）糠心型。由薯苗、种薯带病，线虫由拐子侵入块根，由薯块顶部发病逐渐向下部或四周发展，先是块根纵剖面内部呈棉絮状白色糠道，后期形成褐色糠道，俗称“糠心”、“糠瓤”。有时内部虽已毁坏，但外表与健康者无异，只是重量减轻。
（2）裂皮型。线虫用口针刺破外表皮，进入块根内部危害，初期症状肉眼不易看出，开始外皮退色，不久变青，有的有稍凹陷，有的有小裂口，内呈褐白相间的干腐。两种类型常混合发生。
