红薯含水量大，储藏时要求环境相对湿度85-90%，湿度过小易糠心，湿度过大易引发病害。对温度要求也很严格，高于18℃易生芽，低于10℃易腐烂。储藏红薯最常用的方法是窖藏，有以下几个关键环节。
新窖建立：选择地势较高、土层深厚坚硬的地方建窖，窖深4米左右，两个储藏洞高1.8米，长、宽均为2.5米，可储藏红薯5000公斤。也可以利用旧窖储藏。
窖内消毒：
⑴用2%石灰水涂窖壁。
⑵每立方米燃烧硫磺5克熏蒸，密闭2-3天后通风。
⑶用50%多菌灵1000倍液或50%硫磺悬浮剂800倍液对窖内喷洒，以喷湿窖壁为度。旧窖洞应先挖去表土（以见新土为度）。如果窖内干燥，可泼些清水。
及时入窖：收获后晒2-3天，晒干表皮，剥去泥土。剔除断伤、带病、受冻、受涝、有虫孔和伤皮严重的薯块。用50%多菌灵胶悬剂400倍液浸泡10分钟，晾干后入窖。堆放高度以离洞顶60厘米为宜，以保证窖内氧气能维持薯块正常生理活动。
窖内管理：入窖初期气温高，红薯呼吸旺盛，放出二氧化碳并产生热量，使窖内温度升高。此时如通风不良，薯块在缺氧条件下会被迫进行缺氧呼吸而引起酒精中毒，导致烂薯。
入窖后2-3天，窖温控制在16-18℃，保持10-12天后逐渐降至12-13℃。窖内温度低于10℃时，在封严窖口的基础上加盖覆盖物；窖温高于15℃时适当通风降温。窖内相对湿度保持80-90%。储藏初期湿度大时敞开窖口通风，后期湿度小时可喷洒清水。
