担子菌的菌丝一般又可区分为初生菌丝、次生菌丝和三生菌丝等三种。初生菌丝是由担抱子萌发产生的，初期无隔膜而多核，不久便形成隔膜而成为具有单核细胞的菌丝。为此，也叫单核菌丝、一次菌丝。
这种菌丝是不能产生子实体的，次生菌丝是由初生菌丝发育而来。即由两个初生菌丝的单核细胞经原生质融合(质配)而成。在形成次生菌丝时.两个初生菌丝的细胞核并不融合。因此，次生菌丝的每个细胞内有两个核.因而又称双核菌丝、二次菌丝。
这种菌丝比较粗壮，且分枝繁茂，生活期可短也可以很长。多数有形成锁状联合的特征。三生菌丝是由次生菌丝进一步发育而成，又称结实性双核菌丝及三次菌丝。这是一种组织化了的双核菌丝，如子实体中的菌丝担子菌初生菌丝配对在早期进行.双核菌丝是其主要菌丝形态，子实体也是由这种菌丝组成的。
而子囊菌的双核菌丝要在产生子囊的前夕刁‘形成，其子实体是初生菌丝与双核菌丝的融合物。子实体多数为肉质或胶质，由已分化的菌丝体组成。子囊菌的子实体叫子囊果，担子菌的子实体叫担子果。
子实体的形状多种多样。羊肚菌子实体具圆柱状的柄部和近似柱状而表面形成凹坑的盖部，子囊生凹坑中。胶质菌类如木耳属，子实体呈耳壳状，在凹面产生子实层;银耳、茶耳为叶状，子实层生两侧表面;金耳为脑状，气生表面皆产生子实层。珊瑚菌类子实体棒状或树枝状，多分枝，子实层生于分枝的四周表面。齿菌类，子实体块状如猴头，或有柄有盖如齿菌，它们的子实层生于肉刺状细。
