褐藻爆发与硝化细菌和光照均有关。
光照因素：当鱼缸中的光照不足时，褐藻爆发。当光照充足时，绿藻快速生长。
硝化细菌因素：当鱼缸硝化系统未完全建立时，氨、亚硝酸盐含量较高，褐藻爆发。当硝化系统建立完全后，氨、亚硝酸盐含量降低，硝酸盐含量增加，绿藻快速生长。
一、光照因素
1、太阳光光谱由赤、橙、黄、绿、青、蓝、紫七色组成，在保证水质的前提条件下，红黄光谱可以促进绿藻的生长，激发水草生成更多的绿色素，蓝紫光谱可以促进红藻的生长，激发水草生成更多的红色素，而绿光谱则可以促进褐藻的生长。
2、红黄光谱透水能力差，波长500nm的蓝绿光透水能力最强，因此当光照不足时，褐藻快速生长，而光照充足时，绿藻快速生长。
二、硝化细菌因素
1、藻类与氨、亚硝酸盐、硝酸盐含量的关系：水草、绿藻仅能吸收铵根离子和硝酸盐，但无法直接吸收利用氨，因此当鱼缸中的氨含量过高时，往往会导致褐藻爆发。除此之外，亚硝酸盐作为硝化作用的中间产物，同样无法被绿藻以及水草直接吸收，当亚硝酸盐含量过高时，同样会导致褐藻爆发。综上，水体中的亚硝酸盐和氨无法及时分解时，褐藻快速生长；水体中的氨、亚硝酸盐含量较低，含氧量充足时，绿藻快速生长。
2、氨、亚硝酸盐、硝酸盐与硝化细菌的关系：硝化细菌中的亚硝酸菌可将氨转化成亚硝酸盐，然后硝化细菌中的硝酸菌可将亚硝酸盐转化成硝酸盐，从而被水草、绿藻吸收利用。
3、上述两者结合分析如下，当硝化系统建立完毕后，水体中的氨以及亚硝酸盐含量降低，硝酸盐含量增加，因此绿藻快速生长。而当硝化系统尚未建立完全时，氨、亚硝酸盐因无法快速转化成硝酸盐而累积，因此褐藻爆发。
